"не совпадает", вверх-вниз-вбок или вперед-назад?
Подушка коробки тоже регулируется, попробуй ослабить на ней все 4 гайки, "насадить" подушки двигателя не затягивая гайки, завести двигатель, тронуться вперед-назад и посмотри встанет ли правая опора на место. Если нет, то что-то напутал с установкой кронштейнов
И нивовские по высоте чуть ниже родных, поддон может бить об рулевое